En République démocratique du Congo, la recherche menée par l'IRD et l'INRB est le point de départ de la lutte contre l’épidémie actuelle d’Ebola. 

 L'essentiel

La lutte contre l'épidémie d'Ebola Bundibugyo en République démocratique du Congo débute au laboratoire. Grâce aux capacités développées de longue date par l'IRD et l'INRB, le virus a été identifié et séquencé en quelques heures, orientant immédiatement diagnostics, vaccins et surveillance. Sur le terrain, les analyses génomiques permettent ensuite de retracer les chaînes de transmission et d'adapter la riposte malgré un contexte sécuritaire et logistique extrêmement difficile.

Les premiers malades présentaient tous les signes d'une fièvre hémorragique. Pourtant, tant que le virus responsable n'était pas identifié, impossible de savoir quels tests utiliser, quels vaccins pourraient protéger les populations ou encore comment suivre la propagation de l'épidémie. En République démocratique du Congo, la riposte contre Ebola ne débute donc ni dans les centres de traitement ni auprès des équipes chargées de retrouver les personnes contacts. Elle commence au laboratoire.
Le 14 mai 2026, les premiers échantillons arrivent à l'Institut national de recherche biomédicale (INRB). En moins de seize heures, les scientifiques, soutenus par leurs partenaires de l'IRD dans le cadre de la plateforme PRISME RDC, obtiennent deux génomes presque complets du virus. Le résultat est inattendu : il ne s'agit pas de la souche Ebola Zaïre, responsable de la plupart des grandes épidémies récentes, mais d'Ebola Bundibugyo, beaucoup plus rare. Cette découverte change instantanément le cours de la riposte. Elle explique pourquoi les tests classiques n'avaient pas permis d'identifier rapidement la maladie, conduit à la déclaration officielle de l'épidémie, oriente le développement de nouveaux outils diagnostiques et permet d'évaluer l'efficacité potentielle des vaccins disponibles.
Comme souvent face aux maladies émergentes, la recherche ne vient donc pas après l'urgence sanitaire : elle en constitue l'un des premiers leviers d'action.


Identifier le virus pour savoir comment agir

Cette réactivité est le fruit d'un travail engagé bien avant l'apparition de l'épidémie. Depuis plusieurs années, les équipes de l'IRD et de l'INRB renforcent ensemble les capacités de recherche en RDC : formation de scientifiques, développement de nouvelles méthodes de diagnostic et de séquençage, équipement des laboratoires... Le programme de coopération AFROSCREEN financé par l’AFD a notamment permis de doter les laboratoires de treize pays africains des outils nécessaires pour détecter rapidement les virus émergents et en décrypter le génome. Ainsi, lorsque les premiers cas apparaissent, les équipes sont prêtes à identifier l'agent responsable en quelques heures.


« Ce renforcement des capacités nous a permis d'être prêts dès l'apparition d'une nouvelle émergence : séquençage rapide du virus et identification précise de l'agent pathogène en cause », résume Éric d'Ortenzio, médecin épidémiologiste et directeur du département Santé & Sociétés de l'IRD.



L'identification de la souche permet également de partager immédiatement les données avec la communauté scientifique internationale. Les analyses montrent qu'il s'agit vraisemblablement d'une nouvelle transmission du virus depuis un réservoir animal, distincte des épidémies de 2007 et 2012. En parallèle, des chercheurs développent déjà un test PCR spécifique à cette souche, tandis que d'autres réévaluent en urgence les vaccins existants contre Ebola Zaïre. Les premiers résultats indiquent que ceux-ci déclenchent bien une réponse immunitaire contre Bundibugyo, mais plus faible que contre la souche pour laquelle ils ont été conçus.

Les données guident chaque décision sur le terrain

Une fois l'épidémie déclarée, le travail des scientifiques est loin d'être terminé. Chaque journée apporte son lot de prélèvements à analyser, de génomes à séquencer et d'indicateurs à interpréter. Toutes ces informations alimentent directement les décisions des équipes chargées de la riposte.
Dès les premiers résultats, les autorités ougandaises sont averties qu'un filovirus circule à proximité de leur frontière. Cette alerte précoce leur permet d'identifier rapidement leurs premiers cas importés et d'engager immédiatement la recherche des personnes contacts. Cette circulation rapide de l'information a permis au pays voisin de gagner un temps précieux.
Mais le séquençage continue ensuite de jouer un rôle essentiel. Les différences accumulées par le virus au fil des contaminations permettent de reconstituer les chaînes de transmission, même lorsque les enquêtes classiques atteignent leurs limites. Les habitants peuvent oublier certains contacts, hésiter à répondre aux enquêteurs ou cacher certaines informations. Le génome, lui, conserve la trace des contaminations.


« Le séquençage nous aide à retracer les liens de transmission d'une personne à une autre lorsque la surveillance classique ne permet pas de les retrouver », indique Eddy Lusamaki, médecin microbiologiste, spécialiste de la génomique des agents pathogènes à l'INRB et post-doctorant dans l’unité TransVIHMI de l’IRD.


Depuis Kinshasa, Eddy Lusamaki participe à la réponse scientifique à l'épidémie en analysant les échantillons transmis depuis les zones touchées et en appuyant la surveillance génomique du virus.
Les scientifiques suivent également des indicateurs comme le nombre de décès communautaires. Une hausse signifie que des personnes meurent sans avoir été diagnostiquées et que le virus circule toujours discrètement dans la population. Là encore, les analyses de laboratoire orientent directement les décisions de terrain.


La science face aux obstacles du terrain

Produire ces connaissances est pourtant tout sauf simple. L'épidémie s'étend aujourd'hui sur plus de trente-six zones de santé, soit un territoire supérieur à deux fois la Belgique. Les routes sont souvent impraticables, les foyers très dispersés et les difficultés d'approvisionnement permanentes. Les équipes de l'INRB se relaient entre Kinshasa et les provinces touchées pour maintenir les capacités de diagnostic et accompagner les laboratoires locaux.
À ces contraintes logistiques s'ajoute un contexte sécuritaire particulièrement dégradé. Dans certaines régions, les groupes armés compliquent les déplacements. Quelques jours auparavant, un centre de traitement Ebola a même été attaqué. Les patients ont fui, parfois avant la fin de leur prise en charge, augmentant le risque de nouvelles contaminations.
« Les malades sont rentrés dans la communauté avec tout le risque que cela représente. Nous sommes vraiment dans un contexte extrêmement difficile pour organiser la riposte », raconte le scientifique congolais.
C'est précisément dans de telles situations que la recherche révèle toute son utilité. Chaque résultat de laboratoire permet d'identifier plus vite les malades, de comprendre comment le virus circule, d'anticiper son évolution ou d'évaluer l'efficacité des mesures mises en place afin de concentrer les moyens là où ils sont le plus utiles. La recherche ne vient donc pas compléter la riposte : elle lui fournit les informations indispensables pour agir. Et si les équipes congolaises ont pu réagir aussi rapidement dès les premiers cas, c'est parce que ces capacités scientifiques avaient été construites bien avant l'apparition de l'épidémie.

Olivier Blot, IRD le Mag'

Ebola, cinquante ans d'épidémies

Découvert en 1976 lors de deux flambées simultanées au Soudan et en République démocratique du Congo (ex-Zaïre), le virus Ebola doit son nom à une rivière située près de l'un des premiers foyers. Il appartient au genre Orthoebolavirus, qui comprend six espèces. Quatre ont déjà infecté l'être humain : Zaïre, responsable de la plupart des grandes épidémies ; Soudan ; Bundibugyo ; et Forêt de Taï, à l'origine d'un unique cas humain en Côte d'Ivoire en 1994. Une autre espèce, Reston, infecte certains animaux mais n'a jamais provoqué de maladie chez l'être humain. 
Depuis 1976, une trentaine d'épidémies ont été recensées en Afrique. La plus meurtrière, entre 2013 et 2016 en Guinée, au Liberia et en Sierra Leone, a causé près de 29 000 cas et plus de 11 300 décès. D'autres flambées majeures ont suivi en RDC, notamment entre 2018 et 2020, favorisant le développement de vaccins et de traitements contre l'espèce Zaïre. 
L'épidémie actuelle, apparue en 2026 en République démocratique du Congo puis en Ouganda, est due à l'espèce Bundibugyo, beaucoup plus rare. Contrairement à Ebola Zaïre, elle ne dispose pas encore de vaccin ou de traitement spécifique homologué, ce qui complique la riposte et souligne l'importance d'une identification rapide de la souche responsable. 

CONTACTS

Éric D’Ortenzio, Département Santé & Sociétés, IRD

Eddy Lusamaki, TransVIHMI(IRD/Inserm/Université de Montpellier) & Institut national de recherche biomédicale (INRB), Kinshasa, République démocratique du Congo

Placide Mbala, Institut national de recherche biomédicale (INRB), Kinshasa, République démocratique du Congo

Source : https://lemag.ird.fr/fr/ebola-...

Photo de bandeau : IRD - Pambo Bertin