L’ADN prélevé dans les océans révèle la présence de poissons là où on ne les attendait pas, bouleversant cartes et compréhension de la vie marine.


Un requin mako  dans les eaux glacées de l’Arctique. Des poissons tropicaux détectés à des milliers de kilomètres de leurs habitats connus. Des espèces minuscules, invisibles aux plongeurs, mais révélées dans 30 litres d’eau filtrée. Une étude internationale menée pendant six ans rebat les cartes de la vie marine grâce à l’ADN environnemental — l’eDNA.
Près d’un millier d’échantillons prélevés aux quatre coins du globe ont permis aux scientifiques de l’IRD et à leurs partenaires indonésiens de montrer que 93 % des espèces étudiées occupent une aire géographique plus vaste qu’on ne le croyait ! L’écart, parfois de plusieurs milliers de kilomètres, témoigne de lacunes immenses dans nos connaissances…


On a retrouvé l’ADN d’un requin mako dans l’Arctique, à 1 500 kilomètres au-delà de sa limite nord connue. Il y a peu de place au doute' : la séquence est parfaitement claire, cette espèce n’était pas censée se trouver là », explique Loïc Sanchez, écologue marin, alors doctorant au sein de l’unité MARBEC.

Et ce cas n’est pas isolé. Des gobies cryptiques  en Méditerranée, un dragonnet du Pacifique oriental, un poisson habituellement limité à l’Indopacifique repéré au large de la Corse… L’eDNA comble une partie gigantesque des “trous noirs” de l’observation traditionnelle.


Des océans mal connus, même sous nos latitudes

L’une des surprises du projet est que même les zones « bien étudiées » se révèlent largement sous-échantillonnées. Les méthodes traditionnelles — plongée, caméras, pêche exploratoire — passent souvent à côté des espèces minuscules, timides ou camouflées. L’eDNA, lui, capture les traces laissées dans l’eau par leur simple présence.


Avec cette technique nous nous attendions à découvrir des espèces nouvelles dans les zones tropicales isolées. Mais ce qui nous a surpris, c’est d’enrichir aussi la connaissance dans des régions qu’on pensait parfaitement connues. Même là, les méthodes classiques sous-estiment la réalité », explique Régis Hocdé, océanographe à l’IRD au sein de l’unité MARBEC.

En combinant les données issues de l’eDNA avec les grandes bases de référence GBIF et OBIS, qui contiennent toutes les informations connues sur le vivant marin et terrestre, les scientifiques montrent que ces lacunes ne concernent pas seulement l’espace : dans 7 % des cas, l’espèce vit dans des conditions environnementales dont on ne la pensait pas capable — températures plus chaudes ou plus froides, eaux moins oxygénées, zones faiblement ou fortement impactées par les activités humaines.
Ces informations sont cruciales pour anticiper les effets du changement climatique, car elles permettent de revoir des modèles de migration ou des statuts de conservation fondés sur des données incomplètes.


Le trésor encore peu exploré de Papouasie occidentale

Beaucoup de découvertes ont été rendues possibles grâce aux collaborations internationales, notamment en Papouasie occidentale, l’un des épicentres mondiaux de la biodiversité récifale. Région isolée, difficile d’accès, rarement explorée, elle recèle des centaines d’espèces encore mal documentées.


L’eDNA nous a permis de confirmer que la biodiversité y est encore plus élevée que prévu, et de réexaminer la distribution de nombreuses espèces. Associer les scientifiques locaux et les communautés autochtones à ces travaux est indispensable : cela nous aide à comprendre les milieux, mais aussi à transmettre les connaissances et les technologies aux jeunes générations », estime Hagi Yulia Sugeha, biologiste au Research Center for Biota Systems à Cibinong en Indonésie, dans le cadre du Laboratoire mixte international Sentinel Laboratory of the indonesian Marine biodiversiTy .

Les campagnes menées en coopération avec les villages côtiers ont ainsi permis d’échantillonner des lagons et des canyons sous-marins où aucun chercheur étranger ne s’était rendu. Dans ces zones, la seule empreinte des poissons — leur ADN — révèle une diversité stupéfiante, supérieure à tout ce qui avait été enregistré auparavant.


Une nouvelle cartographie du vivant marin

Pourtant, malgré ses performances, l’eDNA n’est pas une méthode miracle. Les bases de référence génétiques restent incomplètes : si l’ADN détecté ne correspond à aucune séquence connue, impossible d’identifier l’espèce. Pour beaucoup d’espèces cryptiques ou tropicales, la science manque encore de données.
Pour cette raison, les chercheurs plaident pour combiner les approches. « L’eDNA ne remplacera jamais les plongeurs. Mais c’est en associant les deux qu’on obtient une vision complète. Certaines espèces ne laissent pas assez d’ADN, d’autres ne figurent pas dans les bases : seule la combinaison permet de vraiment connaître la biodiversité, résume Loïc Sanchez. Et avec la rapidité à laquelle les océans changent, on ne peut plus se contenter d’aller seulement là où c’est facile. Il faut échantillonner partout, surtout là où l’on n’a jamais mis les pieds, en s’appuyant sur des collaborations et l’implication des communautés locales comme cela a été fait en Indonésie. »
Au final, ce travail redéfinit notre aperçu de la vie sous-marine. À force d’échantillons, d’analyses et d’algorithmes, les chercheurs ont produit une carte où les zones blanches — celles où aucun échantillon n’a jamais été collecté — apparaissent comme autant de continents scientifiques inconnus. En révélant des espèces là où personne ne les cherchait, en élargissant les niches écologiques et en redessinant les frontières du vivant, ce travail ouvre la voie à une nouvelle cartographie de l’océan, bien plus complexe, mouvante et riche que tout ce que l’on imaginait.


Olivier Blot, IRD le Mag'

CONTACTS

Loïc Sanchez, MARBEC (IRD/Ifremer/CNRS/Université de Montpellier)

Régis Hocdé, MARBEC (IRD/Ifremer/CNRS/Université de Montpellier)

Hagi Yulia Sugeha, Research Center for Biota Systemsn, National Research and Innovation Agency (BRIN), Cibinong, Indonésie

PUBLICATION

Loïc Sanchez, Nicolas Loiseau, Cécile Albouy, Marine Bruno, Aurélien Barroil, Aurélien Dalongeville, Julien Deter, Jean-Dominique Durand, Frédéric Fopp, Rémi Hocdé, Maxime Jaquier, Jean-Baptiste Juhel, Hadi Kadarusman, Vincent Marques, Lucie Mathon, David Mouillot, Matthieu Orblin, Loïc Pellissier, Laurent Pouyaud, Romain Seguin, Hagi Yulia Sugeha, Alice Valentini, Luis Velez, Intan Budi Vimono, Frédéric Leprieur & Sevasti Manel
eDNA surveys substantially expand known geographic and ecological niche boundaries of marine fishes,
PLOS Biology, 30 octobre 2025..
DOI : 10.1371/journal.pbio.3003432

Source : https://lemag.ird.fr/fr/ladn-e...

Photo de bandeau : © Diego Delso - wikipedia