Le génome de souris introduites en Afrique révèle plusieurs vagues d’arrivée et livre des indices sur les routes empruntées par les humains.

L'essentiel

En analysant 380 génomes de souris domestiques, une équipe internationale retrace leur arrivée en Afrique. Au moins trois lignées venues d’Eurasie ont colonisé le continent à différentes époques, au gré des échanges humains. Du Sahara aux ports d’Afrique de l’Ouest, leur génome conserve ainsi la trace d’anciennes routes commerciales. Ces travaux éclairent aussi les dynamiques actuelles des invasions biologiques et leur surveillance.

À Niamey, le génome des souris domestiques révèle une histoire inattendue. Les scientifiques envisageaient une arrivée depuis le Bénin : les souris auraient pu progresser avec les marchandises acheminées massivement depuis le port de Cotonou jusqu’au Niger, pays sahélien enclavé. Pourtant, celles de la capitale nigérienne sont génétiquement plus proches des populations d’Afrique du Nord. Un résultat compatible avec une autre voie de circulation, plus ancienne, à travers le Sahara.
Ce résultat est l’une des pièces d’une histoire beaucoup plus vaste reconstituée par une équipe internationale. En analysant 380 génomes complets de souris domestiques (Mus musculus domesticus), dont 216 provenant de 13 populations africaines, les scientifiques montrent que la conquête du continent par ce petit mammifère n’a pas suivi une route unique. Au moins trois grandes lignées originaires d’Eurasie ont contribué aux populations africaines actuelles, selon des trajectoires différentes au nord, à l’ouest et au centre du continent.
En Afrique de l’Ouest, la souris domestique entretient avec l’être humain une relation de commensalité : elle vit principalement dans les villages et les villes, où elle trouve nourriture et abris, tout en restant largement absente des milieux environnants. Transportée au gré des déplacements et des échanges humains, elle peut ainsi conserver dans son génome la trace de certaines de ces circulations.

L’angle mort africain

La souris domestique est une espèce de laboratoire dont on connaît très bien le génome. Mais, paradoxalement, ses populations naturelles sont relativement peu étudiées, et encore moins en Afrique », souligne Carine Brouat, généticienne des populations à l’IRD, au sein de l’unité CBGP. 



Pourtant, l’Afrique a été au cœur des grands réseaux commerciaux et des échanges maritimes qui ont façonné l’histoire humaines des derniers siècles. Le continent est malheureusement souvent mal représenté dans les études qui retracent l’histoire des espèces envahissantes. 
Pour combler cette lacune chez la souris domestique, l’équipe s’est appuyée sur des échantillons collectés au fil des années par plusieurs réseaux de partenaires en Afrique ¹ . Elle les a complétés par des échantillons provenant d’une collection de référence ² , notamment pour l’Afrique du Nord et l’Europe, ainsi que par des données déjà publiées. Au total, l’étude rassemble 380 génomes complets, dont 303 nouvellement séquencés. Leur comparaison permet d’établir les relations entre populations et de retracer une partie de leur histoire ³ .

Plusieurs invasions plutôt qu’une


Au lieu d’une invasion unique, nous avons découvert une mosaïque d’histoires : certaines populations sont arrivées très tôt, d’autres beaucoup plus récemment », explique Daniel Poveda-Martínez, biologiste, postdoctorant à l’IRD, qui a conduit les analyses génomiques de l’étude.


Les populations murines actuelles portent les signatures d’au moins trois grandes lignées venues d’Eurasie : l’une se retrouve notamment au Maroc, en Algérie et au Niger, une autre en Tunisie, tandis qu’une ascendance nord-européenne domine en Afrique de l’Ouest et centrale.
En Afrique du nord, l’installation est la plus ancienne. Certaines populations du Maroc et d’Algérie pourraient être présentes depuis environ 5 000 ans, probablement en lien avec d’anciens échanges méditerranéens pendant l’Antiquité. En Tunisie, les souris sont davantage apparentées aux populations méditerranéennes, notamment françaises.
En Afrique de l’Ouest, l’histoire est beaucoup plus récente. Pour certaines populations, les analyses situent l‘introduction de la souris domestique il y a environ 300 ans, une période compatible avec le développement du commerce maritime européen et l’expansion coloniale. Les souris auraient voyagé vers les comptoirs coloniaux d’Afrique de l’Ouest, à bord des navires et dans les marchandises. 

Au Sénégal, les populations présentent ainsi une forte ascendance nord-européenne, qui fait écho à l’histoire de Saint-Louis, comptoir passé successivement sous contrôle français et britannique. D’autres travaux menés dans la région suggèrent que les souris ont pu ensuite étendre leur aire de distribution en Afrique en suivant les routes terrestres empruntées par les marchandises.

Des invasions à surveiller

Retracer les routes d’invasion des espèces envahissantes ne sert pas seulement à éclairer le passé. Les invasions biologiques modifient les écosystèmes et peuvent avoir des conséquences sur la faune locale, mais aussi des impacts économiques et sanitaires. Or ces phénomènes restent encore relativement peu étudiés en Afrique, notamment pour les rongeurs qui ont accompagné les déplacements et les échanges humains.
Les collections constituées en Afrique de l’Ouest fournissent des données de référence pour comprendre ces histoires d’invasion. 

Ces recherches permettent d’alimenter nos activités à la Plateforme portuaire de surveillance environnementale, chargée de la lutte et de la gestion des invasions de rongeurs au niveau du port de Cotonou », explique Sylvestre Badou, généticien des populations à l’Université d’Abomey-Calavi et actuellement en postdoctorat au sein de cette plateforme.


Les réseaux constitués autour de ces recherches permettent également de documenter la biodiversité locale, de conserver des données pour de nouvelles analyses et de mutualiser les compétences.
« Ignorer ce continent, c’est ignorer une partie de l’histoire de l’espèce, mais aussi la place de l’Afrique dans les échanges mondiaux », conclut Carine Brouat.

Olivier Blot, IRD le Mag'

1. 1. Notamment le réseau International Research Network (IRN) Wan@bi, soutenu par l’IRD. IRN Wan@bi
2. 2. Conservatoire de la souris sauvage, en collaboration avec l’UMR ISEM (Institut des sciences de l’évolution de Montpellier).
3. 3. Travaux soutenus par l’ANR dans le cadre du projet MICETRAL, coordonné par Franck Prugnolle (International Research Laboratory REHABS, CNRS–NMU, Nelson Mandela University, George, Afrique du Sud).

CONTACTS

Carine Brouat, CBGP (IRD / CIRAD / INRAE / Institut Agro / Université de Montpellier)

Daniel Poveda-Martínez, CBGP (IRD / CIRAD / INRAE / Institut Agro / Université de Montpellier)

Sylvestre Badou, Laboratoire de Recherche en Biologie Appliquée (École Polytechnique / Université d’Abomey-Calavi)

PUBLICATION

Daniel Poveda-Martinez et al. Multiple Eurasian Origins and Admixture Shaped the Genomic Legacy of the House Mouse Invasion in Africa. Molecular Ecology, 13 août 2026. DOI 10.1111/mec.70507.

Source : https://lemag.ird.fr/fr/la-sou...

Image de bandeau : Carole Smadja & Guila Ganem