En Afrique subsaharienne, l’urgence d’agir contre la contamination aux mycotoxines
Publié par IRD Occitanie, le 29 octobre 2026
Dans les pays d'Afrique subsaharienne, les mycotoxines, composés toxiques naturellement produits par certains champignons, contaminent fréquemment les cultures agricoles et constituent un défi majeur de sécurité sanitaire des aliments. Malgré plusieurs décennies de recherche documentant leurs impacts sanitaires, nutritionnels et économiques, l’exposition des populations demeure élevée et la menace insuffisamment reconnue. Publiée dans Nature Food, un nouvel article d’une équipe de chercheurs du réseau international SUDMYCOTOX de l’IRD révèle le décalage persistant entre les connaissances scientifiques accumulées sur les mycotoxines en Afrique et leur traduction encore limitée en politiques publiques de prévention et de contrôle. Au-delà du constat, les auteurs proposent de mettre en place un cadre d’action coordonné à l’échelle du continent.
Une exposition systémique et chronique aux mycotoxines
Les mycotoxines, des composés toxiques naturellement produits par différents types de champignons, causent de nombreux problèmes de santé. En Afrique de l'Ouest, la contamination contribue au retard de croissance chez les enfants et à des taux de cancer du foie parmi les plus élevés au monde. Au Sahel, des modélisations suggèrent que l'incidence du cancer du foie imputable à l'aflatoxine pourrait atteindre 126 cas pour 100 000 habitants par an dans les zones à forte exposition telles que le Niger, le Mali et le Burkina Faso.
Un enjeu sanitaire marqué par une forte inégalité mondiale : tandis que des limites strictes protègent les consommateurs dans les pays à revenu élevé, de nombreux pays africains disposent de seuils réglementaires plus élevés et/ou de capacités de contrôle limitées. Alors que l'Union européenne applique une limite de 2 μg/kg pour l'aflatoxine B1 dans les céréales, plusieurs pays africains retiennent des seuils compris entre 10 et 20 μg/kg. Cette différence drastique dans la régulation fragilise grandement les chaînes alimentaires locales et régionales. Des travaux récents menés au Bénin illustrent l’ampleur du phénomène : des aflatoxines ont été détectées dans 87 % des échantillons de maïs et 64 % des échantillons d’arachide prélevés sur certains marchés locaux.
Des solutions existent, freinées par l’inaction politique
Pourtant, un large éventail de stratégies de réduction des mycotoxines, à l’efficacité largement reconnue, existe, souligne Yann Adjovi, professeure à l’Université Nationale d’Agriculture (UNA) du Bénin et co-auteure de l’étude.
Par exemple, le biocontrôle reposant sur l’utilisation de souches non toxigènes d’Aspergillus peut réduire la contamination des cultures de 70 à 90 %. D’autres approches complémentaires incluent l’amélioration des pratiques agricoles, la sélection variétale, le tri, le séchage rapide des récoltes et leur stockage hermétique.
Après plusieurs décennies de recherches, les connaissances disponibles sont jugées suffisantes pour agir. L’enjeu réside désormais dans la mise en œuvre effective des solutions existantes, leur financement et leur intégration dans les politiques publiques. explique Mohamed Haddad, directeur de recherche à l’IRD, co-auteur de l’article.
Or, la fragmentation des mandats, la faiblesse de l'application des réglementations, les horizons politiques à court terme, ainsi que les risques de recherche de rentes freinent l’inscription de la sécurité alimentaire comme priorité publique et de développement. Le coût de la contamination aux mycotoxines s’élèverait à 1,2 milliard de dollars américains par an (pertes commerciales, baisse de la productivité du bétail, dépenses de santé…).
Pour une réponse coordonnée fondée sur l’approche One Health
La contamination par les mycotoxines illustre la nécessité d'adopter une approche « One Health » qui tienne compte des liens entre la santé humaine, animale et environnementale. Elle trouve son origine dans la santé des sols et les pratiques agricoles, se prolonge tout au long de la manutention et du stockage après récolte, affecte le bétail nourri avec des aliments contaminés et peut également contribuer à l’exposition humaine par différentes voies alimentaires. Répondre efficacement à la crise des mycotoxines en Afrique nécessite donc une action conjointe de tous les acteurs de la chaîne (gouvernements, organisations internationales et bailleurs, réseaux de recherche, acteurs du secteur privé…) pour permettre une transformation intersectorielle, soutenue par des investissements durables et des mesures incitatives harmonisées.
Les auteurs appellent à la mise en place d’un Continental Mycotoxin Action Plan à l’échelle africaine, aligné sur les objectifs de développement durable à l’horizon 2030 et reposant sur des mécanismes clairs de coordination, de suivi et de redevabilité, à travers :
- L’harmonisation des cadres réglementaires au sein des communautés économiques régionales afin de permettre la circulation et le commerce de produits de base sûrs tout en prévenant l’arbitrage réglementaire ;
- La mise en place des programmes d’intervention systémiques, combinant solutions de biocontrôle, amélioration du séchage, du stockage et du transport, développement de tests rapides aux points d’entrée sur le marché et campagnes de sensibilisation des consommateurs ;
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L’engagement du secteur privé, par des partenariats public-privé ou encore des investissements dans les infrastructures de collecte, de stockage et de transformation.
Bibliographie : A call for equity and mycotoxin control in Africa (Nature Food)
Contacts presse :
Joséfa Balavoine, josefa.balavoine@ird.fr, 06 08 34 41 29
Mathilde Lebourgeois, mathilde.lebourgeois@ird.fr, 06 85 90 64 09
Photo de bandeau : © IRD - Chloé Roger
